Beiträge zu Verbreitung und Analytik des subtilen alternativen Spleißens / vorgelegt von Stefanie Schindler

4207 Das alternative Spleißen (AS) ist ein Hauptakteur der Diversifizierung von Transkriptom und Proteom eines eukaryotischen Organismus. Die Studien dieser Dissertationsschrift thematisieren das erst kürzlich entdeckte subtile AS, das die Einführung kleiner Variationen im Transkript und in vielen Fällen auch im kodierten Protein bewirkt. Im Arabidopsis thaliana-Genom konnte eine häufige Präsenz von NAGNAG Tandem-Motiven nachgewiesen werden, die in den Spleißfaktor-kodierenden SR-Protein-Genen überrepräsentiert sind. Ausgewählte experimentell analysierte Fälle zeigten ähnliche organ- und bedingungsspezifische Änderungen der SpleißƠvarianten-Verhältnisse. Im Mensch wurde ein völlig neuer, seltener Typus des subtilen AS entdeckt. Eine Population von 36 Introns verwendet TG Dinukleotide als alternative 3;̕ Spleißstellen und widerspricht damit den etablierten Spleißregeln. TG-3;̕-SpleißƠstellen wurden ausschließlich im Kontext einer AG SpleißƠstelle mit einer maximalen Distanz von 28 nt gefunden. In deren orthologen 3;̕ SpleißƠstellen sind TG-Dinukleotid und flankierende Intronsequenz zwischen Säugetieren auffällig stark konserviert. Deren Verwendungshäufigkeit steigt mit der Konservierung von Spleißstelle und flankierender Intronsequenz und wird höchstwahrscheinlich durch cis- und/oder trans-Elemente vermittelt. Zur quantitativen Ermittlung der Spleißvariantenverhältnisse wurden die Pyrosequenzierung und die Fluoreszenz-basierte Kapillarelektrophorese verwendet. Beide Methoden wurden hinsichtlich Reproduzierbarkeit und Genauigkeit, Experimentaufbau und Datenanalyse im Vergleich zur häufig verwendeten Polyacrylamid-Gelelektrophorese mit Ethidiumbromid-vermittelter Densitometrie analysiert. CE-LIF erzielte dabei die höchste Genauigkeit und Reproduzierbarkeit und stellte gleichzeitig die arbeits- und zeiteffizienteste Methode dar.

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Person: Schindler, Stefanie [Author]
Corporate Author: Friedrich-Schiller-Universität Jena [Degree granting institution]
Format: Book
Language(s):German
Publication:Jena, 2009
Printing place:Jena
Dissertation:Jena, Univ., Diss., 2009
Subjects:RNS-Spleißen
Type of content:Hochschulschrift
Related resources:Erscheint auch als Online-Ausgabe: Beiträge zu Verbreitung und Analytik des subtilen alternativen Spleißens
Physical description:57 S. : Ill., graph. Darst. ; 29,5 cm
Basic Classification: 42.13 Molekularbiologie